微生物検査部門では感染症が疑われる患者さんの検体を扱っています。培養や生化学・免疫学的検査、遺伝子検査等により、原因微生物を特定します。病原性のある菌が検出された場合、薬剤の感受性結果等の治療上有意義な情報を臨床側に提供しています。

また、感染制御チーム（ICT）の一員として院内感染対策も行っています。微生物検査室では、特定の病室・病棟の患者から同一の菌種あるいは薬剤耐性菌が検出されていないか等の情報を最初に把握できます。それらの情報を臨床側に提供することで院内感染の発生を未然に防げるように努めています。