蛍光染色やチールネルゼン染色で菌体を染め、菌の有無を評価します。
一般細菌と比較して、発育に時間を要するので、長期間の培養を行います。
抗酸菌は大まかに結核菌と非結核性抗酸菌に分類されます。発育したコロニーの性状や免疫学的検査、遺伝子学的検査などにより菌を同定します。また、治療で用いられる抗菌薬の有効性を評価します。