手術室には電気メス，麻酔器，顕微鏡，内視鏡装置など，数多くの医療機器が存在します．臨床工学技士はそれらの機器の保守管理を行い，機器の安全な運用に貢献しています．また，手術中に発生する医療機器のトラブルに対応し，円滑に手術が行われるよう努めています．
医療機器の保守管理の他に，モニタリング業務，内視鏡業務，ダヴィンチ業務といった診療支援業務も行っています．
日常点検
毎朝，手術が始まる前に手術室の設備(医療ガス，空調，電源，電気容量，無影灯等)の始業点検を行い，手術室が問題なく使用できることを確認しています．また，手術が始まると１時間毎に手術室をラウンドし，異常がないかを確認しています．
修理対応
医療機器・器械に不具合が発生した場合，看護師より修理依頼表を作成してもらい，修理品と共に受け取ります．その後，修理が必要かどうか判断し，必要ならば業者・メーカーに修理・代替機の手配を行います．また，中央管理ソフトを使用して，パソコンに記録を保存し，修理状況をいつでも確認できるようにしています．
モニタリング業務
整形外科の脊髄腫瘍摘出術や脊椎固定術などの脊髄の手術，心臓血管外科の胸部大動脈瘤の手術，脳外科の手術で神経機能が障害（四肢麻痺，感覚麻痺等）されていないかどうかを確認する検査を行っています．
脳の運動野を電気刺激することによって，手足の運動機能を検査するMEP(運動誘発電位)や手足を電気刺激して脳の感覚野に信号が伝わっていることを検査するSEP(体性感覚誘発電位)などを術中にモニタリングします．臨床工学技士はそれらの検査機器のセットアップと医師の指示のもと電気刺激を出し，その反応を確認しています．
内視鏡業務
腹腔鏡・胸腔鏡手術で使用する内視鏡装置の始業点検とセットアップを行っています．使用する機器やその配置は各診療科，術式毎に異なっており，毎回，確認しながら準備しています．また，当院では手術の映像を中央のサーバーに一括して記録・管理するシステムを採用しており，内視鏡手術の映像の記録に関しては，その作業を全て臨床工学技士が行っています．
ダヴィンチ業務
手術支援ロボット(ダヴィンチSi)を使用する手術の際に，機器の準備，始業点検，トラブル対応，片付けを行っています．（詳しくは低侵襲外科センター スタッフの役割参照）