結節性硬化症は常染色体優性遺伝疾患であり、TSC1(染色体9q34)とTSC2(染色体16p13.3)のいずれか一方の変異が原因です。患者さんの約60%は、孤発例(家族に同じ病気の人がいない)であり、突然変異で生じたと考えられています。正確な頻度は不明ですが、1万人に1人くらいの頻度とされています。